Ernst Trautwein begann seine Karriere als Eishockeyspieler in seiner Heimatstadt in der Nachwuchsabteilung des EV Füssen, mit dem er insgesamt achtmal (1956–1959, 1961, 1963–1965) deutscher Eishockeymeister wurde. Zudem gewann er 1964 mit dem EV Füssen den Spengler Cup in Davos. In der Saison 1960/61 war er mit 34 Toren in 28 Spielen bester Torschütze in der Eishockey-Bundesliga.

Trautwein wurde wegen seiner entscheidenden Tore in den Olympia-Qualifikationsspielen gegen die DDR lange „DDR-Killer“ genannt. Er ist außerdem Mitglied der Hall of Fame Deutschland.

Zwischen Oktober 1969 und März 1970 war er deutscher Nationaltrainer und erreichte mit der Nationalmannschaft in 17 Spielen 14 Siege. Damit weist er bis heute den besten Punkteschnitt aller deutschen Nationaltrainer auf.

In der Saison 1980/81 übernahm er zwischenzeitlich das Traineramt beim EV Füssen. In der Saison 1984/85 trainierte er den EA Kempten aus der 2. Eishockey-Bundesliga.

Die Erfolge von Ernst Trautwein:
- 8x Deutscher Meister
- 2x Deutscher Vizemeister
- 1964 Spengler Cup-Sieger
- 1961 Bester Torschütze der Eishockey-Bundesliga (34 Tore)